hast Du 2 Bildschirme?
Ja, allerdings habe ich den zweiten Bildschirm erst seit 2-3 Monaten angeschlossen.
dann könntest Du Dir ansehen ob im Taskmanager unter Prozesse ein Prozess die CPU Leistung bzw. die Festplattenauslastung immer wieder hochfährt.
Das Problem mit der Festplattenauslastung hatte ich bei meinem alten PC. Daher weiß ich in etwa welche Dienste zu einer Auslastung führen würden. Abgesehen von diesen Aussetzern läuft mein PC auch bei längerem Beobachten recht gut und im Leerlauf gibt es nahezu keine Auslastung. Das Problem ist, dass ich bisher kein Muster gefunden habe wann die Ruckler auftreten. Ich kann es zumindest soweit eingrenzen, dass es definitv auftritt wenn ich Youtube offen habe um Musik zu hören. Dann jedoch auch nur in unregelmäßigen Abständen sodass ich nicht nachschauen kann welche Prozesse nun ausgelastet sind.
Auf einem anderen PC waren es Probleme der Festplatte mit beschädigten Sektoren.
Das ist auf jeden Fall ein guter Tipp. Werde erstmal eine normale Defragmentierung durchführen und die Festplatten reinigen.
Bzw. hast Du andere Tools (Virenscanner, Speichermanager, "boost"-Tool etc.) drauf?
Benutze nur das Security Center von Microsoft. Bei der 860 Evo stand noch bei dass man für bessere Performance Samsung Magician runterladen soll. Da ich keine gute Erfahrung mit solchen Programmen gemacht habe, versuche ich sie zu vermeiden. Zudem hab ich die 860 Evo nachgerüstet und die Ruckler gab es davor auch schon. Inzwischen habe ich auch Nvidia Experience runtergehauen, weil mir das nur Schwierigkeiten bereitet hat. Außerdem habe ich die meisten Autostart Programme abgestellt. Eine weiter Sache die zu erwähnen wäre ist, dass ich zwei Tastaturen am PC angeschlossen habe.
Das System neu aufsetzen ist natürlich eine Alternative, allerdings würde ich vorerst gerne alle möglichen Ursachen ausschließen. Ich hatte schon überlegt, ob ich vielleicht die falschen Komponenten verwende und es deswegen auf Dauer immer schlimmer wird. 
. Die Tipps zu den Netzteilen hatte ich mir nochmal durchgelesen. Ich hab das Netzteil damals über die Be Quiet Seite konfiguriert, wenn ich mich richtig erinnere.