Finde ich gar nicht verkehrt, nur ist die Auswahl an Anwendungen für mich etwas mager!
Ja es hält sich in grenzen.
Oder erlaubt Ninite auch externe Anwendungen zu implementieren, die dann von der Software verwaltet (up to date) gehalten wird?
Negativ.
Und kommt es teilweise immer noch zu Fehlinstallationen oder ist das kein Thema mehr?
Wurde behoben.
Warum wundert dich das?
Der ein oder andere hier arbeitet bestimmt auch mal auf einer Shell 
Natürlich zählt hier auch die cmd bzw. powershell hinzu 