Das User-Konto mit dem Du das Programm installierst, hat das Admin-Rechte?
Falls ja, habe ich keine Idee, falls nein könnte folgendes zutreffen:
Das Programm macht bei der Installation in der Registry beim HKCU (HKEY_CURRENT_USER) Einträge. Wenn Du das Programm auf einen "Normalen"-Konto mit Adminrechten startest, ist der Current-User nicht Dein "Normales"-Konto sondern das "Admin"-Konto unter dessen Rechte Du es gestartet hast.
Wird das Programm anschließend ohne Admin-Rechte gestartet, findet es keinen Eintrag in HKCU und nimmt die Default-Werte.