Hat das Gehäuse einen eingebauten "Verteilerkasten", an den alle Lüfterkabel angeschlossen sind? Falls ja, versuche mal, die Kabel einzeln direkt ins Mainboard zu stecken.
Ich habe meiner Schwester am Wochenende beim Bau ihres neuen PCs geholfen, da gab es genau das Problem, dass die Lüfter-LEDs gingen, sie sich aber nicht gedreht haben (die Lüfter, nicht die LEDs 
).
Und wegen der Grafikkarte: Woher genau weißt du, dass sie nicht geht? Drehen sich die Lüfter unten an der Karte?