Diese Einstellung wird nur auf laufende Prozesse angewandt. Sobald Du den Prozess beendest, werden beim nächsten Start wieder alle Kerne verwendet.
Willst Du einen Prozess mit einer bestimmten Priorität oder CPU-Affinität starten, kannst Du z.B. den Befehl "start" verwenden. Man kann zudem auch persistente Regeln für Pfade setzen, aber das ist umständlicher. Wie es mit "start" geht, steht u.a. hier: https://stackoverflow.com/a/7760105