Ich nutze für meine Flatpaks das bewährte KDE-Programm Discover.
Als GUI für pacman und yay (AUR) benutze ich das praktische Programm Octopi (yay -S octopi). Das habe ich deshalb gewählt, weil es die Installation in einer integrierten Shell ausführt, sodass man bei Problemen eingreifen bzw. Tastatureingaben tätigen kann. Außerdem hat es eine Menüoption, alle Updates anzuzeigen bzw. zu installieren.