Für Medienserver wie Plex und Kodi ist in der Regel nur wichtig, dass im Pfad(!) der Datei irgendwo erkennbar "S[0-9]+" sowie "E?[0-9]+" auftaucht. Ich verwende bei Plex zum Beispiel das Schema:
<Serientitel>/S<Staffel>/<Episode> - <Episodentitel>. <Dateiendung>
Der Episodentitel ist dabei optional, d.h. er stört nicht, ist aber auch nicht notwendig.
Einzelne Staffeln habe ich bisher meistens mit einem eigenen Script umbenannt, welches die Titel aus einer Textdatei liest (und da kann man sie ganz leicht aus einer Seriendatenbank reinkopieren).